根据您的描述,贵公司工程项目在固定资产达到使用状态后,按照合同价暂估入账。如果投入使用后12个月内仍未取得发票,自12个月后应将计提的折旧额做纳税调增,5年内企业取得发票并做出专项申报及说明后,准予追补至该项目发生年度计算扣除,做相应纳税调减;超过5年未取得发票,税法上则不能再进行相应纳税调减。
《企业会计准则第4号—固定资产》应用指南第一条规定,对已达到预定可使用状态但尚未办理竣工决算的固定资产,应按照暂估价值确定其成本,并计提折旧;待办理竣工决算后,再按实际成本调整原来的暂估价值,但此时不需要再调整原已计提的折旧额。可见,会计准则明确规定了暂估入账的新建固定资产在办理了竣工结算手续后只需调整成本,而不需再调整原已计提折旧。《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函〔2010〕79号):企业固定资产投入使用后,由于工程款项尚未结清未取得全额发票的,可暂按合同规定的金额计入固定资产计税基础计提折旧,待发票取得后进行调整。但该项调整应在固定资产投入使用后12个月内进行。《关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》(国家税务总局公告2012年第15号):根据《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定,对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出,企业做出专项申报及说明后,准予追补至该项目发生年度计算扣除,但追补确认期限不得超过5年。企业由于上述原因多缴的企业所得税税款,可以在追补确认年度企业所得税应纳税款中抵扣,不足抵扣的,可以向以后年度递延抵扣或申请退税。亏损企业追补确认以前年度未在企业所得税前扣除的支出,或盈利企业经过追补确认后出现亏损的,应首先调整该项支出所属年度的亏损额,然后再按照弥补亏损的原则计算以后年度多缴的企业所得税款,并按前款规定处理。